Os anos 90 ficaram marcados por grandes revelações de jogadores. O Guarani conhecido como o celeiro de craques, conquistou a Copa São Paulo de Juniores , em 1994, e no mesmo ano revelou ao Brasil a dupla Amoroso e Luizão, que levou o time à semifinal do campeonato brasileiro.
No Brasileirão de 1994, o Bugre terminou a primeira fase na liderança. Uma campanha de destaque chegando nas semifinais contra o Palmeiras. Neste ano, Amoroso e Luizão despontaram para o futebol mundial.
Títulos e Conquistas
1991 – Vice-campeão Paulista de Aspirantes – FPF
1991 – Vice-campeão Brasileiro Série B – CBF
1994 – Campeão Copa São Paulo de Futebol Júnior
1996 – Campeão Paulista de Aspirantes – FPF
1998 – Campeão Paulista de Aspirantes – FPF
